Sistemática y ecología microbiana

Temas y Subtemas

Unidad I. Diversidad del Dominio Bacteria (4 sesiones de 2 horas c/u)

• Reino I: Proteobacteria
• ReinoII: Bacterias Gram positivas
• Reino III: Cianobacterias
• Reino IV: Clamidias
• Reino V: Planctomices
• Reino VI: Bacteroides/Flavobacteria
• Reino VII: Bacterias verdes del azufre
• Reino VIII: Espiroquetas
• Reino IX: Deinococos
• Reino X: Bacterias verdes no sulfurosas
• Reino XI: Hipertermofilos

Unidad IB. Diversidad del Dominio Arquea (1 sesiones de 2 horas c/u)
1B.1 Reino I: Euriarqueota
1B.2 ReinoII: Crenarqueota
1B.3 Reino III. Korarqueota

Unidad II. Diversidad Metabólica (5 sesiones de 2 horas c/u)

• Conservación de energía y metabolismo del carbono
• Fotosíntesis oxigénica
• Fotosíntesis anoxigénica
• Fotosíntesis basada en bacteriorodopsina
• Quimiolitotrofía
• Respiración anaerobia
• Metanogénesis
• Diversidad fermentativa
• Fijación de nitrógeno

Unidad III Ecología Microbiana (7 sesiones de 2 horas c/u)

• Habitats microbianos especializados
• Actividad de microorganismos en la naturaleza

• Crecimiento de microorganismos en la naturaleza
• Actividad metabólica de microorganismos en la naturaleza

• Concepto de nicho ecológico
• Superficies, biofilms y tapetes microbianos laminados
• Relaciones biológicas

• Competencia
• Cooperación
• Sintrofía
• Parasitismo

• Niveles de organización

• Individuo
• Poblaciones
• Gremios
• Comunidades
• Ecosistemas
• Biosfera

• Ciclos biogeoquímicos/estados redox
  

• Ciclo del carbono
• Ciclo del azufre
• Ciclo el nitrógeno

• Métodos convencionales en ecología microbiana

• Columna de Winogradsky
• Agar agitado en tubo
• Enriquecimiento sesgado

• Nuevos métodos en ecología microbiana

• Microscopía confocal
• Conteo celular: naranja de acridina y DAPI
• Sondas moleculares específicas
• Fraccionamiento isotópico
• Microelectrodos
• Reacción en cadena de polimerasa (PCR)
• Electroforesis en gradiente de geles desnaturalizantes (DGGE), T-RFLP
• Metagenómica

• El concepto de metagenoma (genomas colectivos)
• Tecnologías de secuenciación masiva
• Etapas de la investigación en metagenómica
• La aproximación ecologia de la metagenómica

Unidad IV Sistemática y evolución microbiana (7 sesiones de 2 horas c/u)

• Historia evolutiva de los microorganismos

• Teoría Oparin/Haldane/Orígenes de la vida
• Microfósiles y estromatolitos
• Geoquímica: fósiles químicos
• Teoría de endosimbiosis serial/origen de las células eucariotes

• Cronómetros evolutivos
• Secuenciación de RNA ribosomales y evolución celular
• Construcción de árboles filogenéticos
• Definiciones: identificación, clasificación, taxonomía, sistemática, nomenclatura
• Sistemas de clasificación de los microorganismos

• Cinco reinos: Monera, Protoctista, Fungi, Animal, Planta
• Tres dominios: Arquea, Bacteria, Eucaria

• Taxonomía polifásica
• Concepto de especie en bacterias

Actividades de Aprendizaje

• Pláticas apoyadas con material audiovisual, acetatos, diapositivas videos, mesas redondas, consultas a internet y a biblioteca (bancos de información).

Modalidades de evaluación de la asignatura.

• Presentación de cuatro exámenes escritos (60 puntos), cuatro tareas (20 puntos), presentación y discusión de presentaciones orales de temas específicos o artículos de investigación (20 puntos).

Criterios de Evaluación
1. Para poder acreditar el curso en su totalidad cada uno de los alumnos deberá acreditar con calificación mínima de 8 (ocho), cada una de las unidades. Calificaciones menores a 7.8 no son aprobatorias!! Y no promedian para la calificación final. Calificaciones con decimales de 0.8 y 0.9 se redondean al siguiente número superior. Calificaciones menores e iguales a 0.7 se redondean al siguiente número inferior.
2. Para poder acreditar el curso los alumnos deben cubrir más del 85% de asistencia de todo el curso, sin excepción. La asistencia mínima para cada una de las unidades deberá ser de 8 y 10 horas. Faltas por 2 horas en tres unidades son consideradas suficientes para no acreditar la asignatura.
3. A todos los alumnos se les solicita atentamente asistir puntualmente a clase y no tener sobrepuestas otras actividades en el mismo horario de la asignatura.