Teoría Y Métodos Cladísticos en Xalapa

Objetivos específicos

El alumno:

• 1. Entenderá los fundamentos filosóficos, epistemológicos y metodológicos del análisis cladistico de caracteres morfológicos y moleculares.

• 2. Aplicará las metodologías más importantes usadas actualmente para resolver la correspondencia entre caracteres, la identidad de estados y la codificacion respecto a modelos de cambio.

• 3. Aplicará diversos modelos de cambio entre estados para la buena ejecución de la búsqueda y selección de cladogramas óptimos bajo criterios de parsimonia, verosimilitud y probabilidades posteriores Bayesianas.

• 4. Identificará problemas teóricos y metodológicos en el análisis de caracteres y de árboles filogenéticos.

• 5. Aplicará métodos filogenéticos avanzados en la elaboración de su proyecto de tesis.

TEMARIO

• 1. Introducción

• Avances y direcciones en la teoria y métodos de la reconstrucción filogenetica:

• Las fases de los análisis filogeneticos: Analisis de caracteres. Analisis de cladogramas

SECCIÓN 1: BASES TEÓRICAS PARA EL ANALISIS DE CARACTERES

• 1.1 Homología filogenetica y la seleccion de caracteres.

• 1.2 Selección de caracteres y estados. Bases teóricas, presuposiciones y criterios para el estudio de los caracteres. Jerarquía de similitudes, variación, conjunción y correlación.

• 1.3 Métodos para el estudio de la variación. Genética de poblaciones:

• heredabilidad y estabilidad de caracteres. Métodos narrativos y tipológicos (estados predefinidos)

• Morfometría: métodos cuantitativos y aplicaciones en Sistemática.

• Reconocimiento de estados, metodos graficos y estadisticos

• 1.4 Caracteres Moleculares en Sistemática. Datos de las Proteínas y de los Ácidos Nucleicos. Detección de la variación en secuencias génicas.

• 1.5 Orden de estados. Relaciones de transformación entre estados.

• Modelos de parsimonia. Wagner, Fitch, Dollo, Camin-Sokal.

• 1.6 Codificación de la variación. Variación continua, estados discretos y polimorfismo.

• Variación conjunta y correlacionada.

• 1.7 Análisis de caracteres moleculares.. Métodos para la codificación de estados.

• Métodos estaticos y dinamicos para el alineamiento de secuencias génicas.

• 1.8 Valor filogenético de los caracteres. Métodos de asignación de peso: a

• caracteres y/o a estados. Peso a la probabilidad de cambio de estado:

• Modelos de máxima verosimilitud y probabilidad Bayesiana.

SECCIÓN 2: ANÁLISIS DE CLADOGRAMAS

• 1.1 Teoria geométrica del espacio de los arboles. Metodos de exploracion del espacio de los arboles. Estrategias simples: Búsquedas exhaustivas, branch & bound y heurísticas. Estrategias dirigidas: Búsquedas heurísticas concatenadas, búsquedas con "parsimony ratcheting", con cadenas de Markov, etc.

• 1.2 Modelos y métodos en la reconstruccion filogenetica para la formación de grupos. Redes, universo de árboles, islas, árboles óptimos y subóptimos. Algoritmos: parsimonia, máxima verosimilitud y probabilidad Bayesiana.

• 1.3 Métodos para evaluación de hipótesis filogenéticas. Medidas de ajuste:

• índices de consistencia y retención. Variación de niveles de homoplasia.

• La utilidad filogenética de los datos y de la matriz.

• 1.4 Metodos de diagnóstico de la Estabilidad, Apoyo, Robustez, Consistencia y Certidumbre de hipótesis filogeneticas.

SECCIÓN 3: SÍNTESIS GENERAL

• 1.1 Argumentos teoricos y metodologicos en el uso de caracteres cuantitativos

• 1.2 Argumentos metodologicos en el uso de alineamientos automaticos, manuales o dinamicos

• 1.3 Argumentos teoricos, estadisticos y metodologicos en el uso de parsimonia o verosimilitud y probabilidades Bayesianas en la reconstruccion filogenetica